"Algumas chaves estão abertas pelo sistema ou outros processos."

Você muitas vezes pode se deparar com uma mensagem como esta ao tentar importar um arquivo .reg:

Não é possível importar [arquivo_reg]: nem todos os dados foram gravados com êxito no Registro. Algumas chaves estão abertas pelo sistema ou outros processos.

Esta mensagem é um exemplo de mensagem de erro do Windows que por não ser suficiente esclarecedora, te coloca no caminho completamente errado de resolução do problema.

Se mesmo indo para o Modo de Segurança a mensagem persiste, seu problema provavelmente não tem nada a ver com chaves abertas: é de permissões.

Abra o Regedit na chave que você está tentando modificar e escolha permissões no menu de contexto:

Normalmente, SYSTEM e Administradores tem permissões totais sobre todas as chaves, mas às vezes você encontra anomalias como esta:

Assim não pode ficar. Esse estado impede completamente o acesso à chave e suas sub-chaves. Para corrigir basta marcar as duas opções destacadas, tanto para SYSTEM quanto para Administradores.

Edit: Esse mesmo problema é responsável por mensagens de Acesso Negado ao tentar editar o registro.

IMPORTANTE:

• Quando uma chave está com permissões faltando pode parecer vazia ou que várias sub-chaves ou valores estão ausentes, mas está tudo lá. Quando você definir as permissões corretas os valores e sub-chaves aparecerão.
• Não existem permissões para valores (e segundo a MS nunca vão existir). Preocupe-se apenas com as chaves.

Feito isso, tente importar o arquivo .reg novamente. Se funcionar, o problema está resolvido. Se não funcionar verifique outras chaves envolvidas que podem estar com permissões incorretas. Tenha em mente que um mesmo arquivo REG pode fazer a importação de várias chaves completamente independentes.