Teste seu pendrive com o H2testw.

O utilitário H2testw, de autoria da revista alemã de TI C'T, faz o seguinte:

• Vai criando arquivos de até 1GB, até lotar a capacidade nominal da mídia. O objetivo é ver se realmente o pendrive tem a capacidade que parece ter. Se houver erro ele acusa exatamente até onde conseguiu gravar com sucesso;
• Lê os arquivos para confirmar se foram gravados corretamente. Mesmo que o pendrive tenha a capacidade que diz ter ele pode ter algum tipo de defeito que corrompa arquivos;
  
• Registra a velocidade média de leitura e gravação;
• Termina com um relatório que pode ser copiado para o clipboard.
  

Note que você também pode fazer o teste em outros tipos de mídia, como cartões de memória conectados a leitores.

Eu vinha fazendo esse tipo de teste usando outros métodos, mais "manuais", mas eu vou passar a recomendar o H2Testw.

Exemplo do que o programa diz quando o pendrive tem um defeito (11.5MB defeituosos):

The media is likely to be defective.
3.7 GByte OK (7947136 sectors)
11.5 MByte DATA LOST (23680 sectors)
Details:0 KByte overwritten (0 sectors)
0 KByte slightly changed (< 8 bit/sector, 0 sectors)
11.5 MByte corrupted (23680 sectors)
0 KByte aliased memory (0 sectors)
First error at offset: 0x0000000000660000
Expected: 0x0000000000660000
Found: 0x00000000f7760000
H2testw version 1.3
Writing speed: 5.02 MByte/s
Reading speed: 19.3 MByte/s
H2testw v1.4